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Beskrivelse
L'environnement didactique ISee permet une initiation aux techniques et algorithmes de la bioinformatique, comme la recherche de régions codantes dans les génomes. Dans ce contexte, un nouveau module destiné à expliquer les principes de la reconstruction algorithmique d'arbres phylogénétiques a été conçu et développé en Java. Un arbre phylogénétique rend compte de l'émergence des espèces au cours du temps et fait ainsi apparaître leur relation de parenté : deux espèces sont d'autant plus proches qu'elles sont apparues à partir d'une espèce ancestrale commune récente. Le nouveau module présente UPGMA, l'une des méthodes de reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir de séquences génomiques d'espèces actuelles. Pour expliquer la méthode de reconstruction, le module affiche la matrice des distances entre les espèces, puis la construction de l'arbre, pas à pas, et ce de manière interactive. Le module présente aussi les hypothèses de base sur lesquelles repose la méthode de construction et en démontre les limites, à savoir l'hypothèse de l'horloge moléculaire et l'hypothèse que les séquences sont proches. Pour cela il offre trois interfaces, en libre exploration et expérimentation.
